Software Huawei P9 Lite ini sudah menggunakan sistem operasi Android  Marshmallow 6.0 dengan antarmuka EMUI 4.1.1. Pada antarmuka terdapat tiga soft button khas OS Android 6.0 yang posisinya bisa diubah-ubah, atau ditambah menjadi empat soft button. Pengaturan posisi soft button ini dapat dilakuan dari Settings >Smart assistance > Navigation bar. Soft button ini bisa juga dibuat melayang di sisi kanan layar, dengan mengaktifkan Floating dock saat berada di menu Smart assistance. Pada menu Motion Control, Anda bisa mengatur untuk mematikan suara panggilan masuk atau suara alarm hanya dengan membalikkan smartphone. Layar juga dapat merespon sentuhan walau menggunakan sarung tangan lho, caranya dengan mengaktifkan Gloves mode. [gallery columns="4" size="medium" ids="8187,8188,8189,8190"] Kerennya, saat layar dalam kondisi terkunci, tetap dapat mengakses beberapa fungsi, yaitu Sound Recorder, kalkulator, senter dan kamera. Cukup dengan mengusap layar ke arah atas saat kondisi terkunci. [gallery columns="4" size="medium" ids="8193,8192"] Pada home screen dua pertiga layar bagian atas menampilkan informasi berupa jam, lokasi, tanggal, kondisi cuaca dan pemutar musik, serta fungsi pencarian Google di bawahnya. Di atas soft button di barisan bawah, terdapat fungsi untuk menelpon, daftar kontak, SMS dan Chrome. Sementara di atasnya terdapat folder berbagai layanan Google, Play Store, Setting dan Camera. Ketika tidak sedang berada dalam kondisi lockscreen, jika layar diusap ke arah bawah, maka akan muncul tampilan menu Notifications, untuk mengakses fungsi pintas, tekan Shortcuts dan pilih fungsi yang akan diaktifkan atau dibuka. [gallery columns="4" size="medium" ids="8194,8200,8199"] Smartphone ini juga memiliki berbagai fitur unggulan, di antaranya adalah sistem keamanan menggunakan sidik jari, Smart assistance, Huawei ID, Printing, MirrorShare dan lain-lain. Sistem sidik jari dapat digunakan untuk membuka layar yang terkunci atau mengakses aplikasi yang dikunci. Jadi tak perlu repot lagi memasukkan tombol pin. Sensor sidik jarinya cukup responsif, jika sempat gagal, saat dicoba lagi dengan memperbaiki posisi jari, bisa lolos. Memang saat pengaturan awal, pengambilan sidik jari dilakukan beberapa kali. [gallery columns="4" size="medium" ids="8196,8195,8197,8198"] Informasi lebih lanjut mengenai perangkat keras dan sistem yang digunakan pada smartphone ini dapat dilihat dari aplikasi CPU-Z berikut ini. [gallery columns="4" size="medium" ids="8203,8201,8204,8202"]